O Conselho Pedagógico é um órgão da Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra constituído pelo Diretor da Faculdade, quatro docentes e cinco estudantes. Tem como competências aprovar o regulamento de avaliação do aproveitamento dos estudantes, pronunciar-se sobre a criação de ciclos de estudos, calendários letivos, mapas de exames entre outras questões de cariz pedagógico, procurando essencialmente ouvir as opiniões e preocupações dos estudantes relativamente a estas matérias.