A assembleia da faculdade é o órgão máximo da FFUC. Tem quinze membros sendo eles, dez docentes ou investigadores, três estudantes (dois de primeiro ou segundo ciclo e um de terceiro ciclo de estudos), um trabalhador não docente e não investigador da faculdade e ainda uma personalidade externa de reconhecido mérito.

Este órgão tem a capacidade de eleger o seu próprio presidente, eleger o Diretor da Faculdade, aprovar alterações aos Estatutos desta e ainda, de entre muitas outras, apreciar o plano, orçamento e o relatório de contas, bem como verificar o cumprimento do programa de ação do Diretor.

A assembleia torna-se, assim, num meio de extrema importância para os estudantes, no sentido de aumentar a comunicação entre estes, o Diretor e restantes docentes e órgãos da faculdade.